實驗結束后應該對操作臺面，儀器，實驗用具及環境進行清潔，這對污染的控制尤為重要。
1、實驗后所有的試劑按照要求進行存放，廢料和廢液及時清理，避免存放過多和過久，廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、離心管架、試管架等可重復使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中過夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、對各區的生物安全柜、潔凈工作臺先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外燈進行消毒處理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液對設備表面、臺面、地面、物品表面、傳遞窗內及門窗進行擦拭，再用純化水對設備表面、臺面、進行擦拭，避免消毒液對實驗器具的腐蝕，儀器如核酸提取儀采用內部紫外消毒程序進行照射；
5、操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，應使燈管距離工作區的距離在60-90cm；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
①臨床標本中存在的大量待測微生物或待測靶核酸
②科研中得到的質粒
③以前分析研究的特定微生物或靶核酸
④大量存在于實驗環境中的特定微生物或靶核酸
⑤以前擴增產物的殘留污染,這也是 PCR 實驗室產生的將造成假陽性的“污染”。
PCR擴增可以引起實驗室中擴增產物的累積,通常一次典型的PCR
擴增可以產生109拷貝的靶序列,如果氣溶膠化,甚至的氣溶膠都會含有106拷貝的擴增產物。如果不加以控制,在短期內累積的氣溶膠化的擴增產物即會污染實驗室中的試劑、儀器設備和通風系統,從而造成嚴重的實驗室“污染”,出現大量的假陽性結果。
PCR實驗室應相對獨立，盡量避免與其他普通實驗套疊或者有通道上的交叉。看過一個圖，他們的PCR實驗室設置在檢驗科的里面，醫廢和標本的運送要穿過檢驗科的整個走廊，這種情況、物流、污物均在同一個通道，風險較高，應盡量避免。
設置區域：
PCR實驗室應設置以下區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。這個4個區域在物理空間上必須完全獨立，各區域無論是空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分割狀態，不能有空氣的直接相通。根據使用儀器的功能，區域可以適當合并。每個區域間設置傳遞窗，要求一側打開時另一側無法打開。4個區域應設置獨立的緩沖間，應設置可以通到四個操作區域的PCR走廊，在進入各區域前，應設置更衣間，每個區域的衣服可用不同顏色進行區分，在清潔區應設置洗澡間、衛生間、值班室。還應考慮到醫廢和標本的運送通道。
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